فى موقف ذي دلالة عميقة من الرئيس محمد مرسي فيما يتعلق بالشأن العربي، حيث وعلي خلاف النظام السابق سواء العسكري أو المباركي، رفض "مرسي" قبول تهنئة الرئيس بشار الأسد، المتهم محليا ودوليا بارتكاب جرائم حرب ومجازر وعمليات تهجير قسري لمواطنين سوريين، أثناء محاولاته الدموية لقمع الثورة السورية، مما أسفر عن استشهاد أكثر من 15 ألف من المدنيين ومقتل المئات من جنود الجيش السوري الحر.
وكان الرئيس السوري بشار الأسد قد أرسل برقية تهنئة للدكتور محمد مرسي بمناسبة فوزه برئاسة جمهورية مصر العربية، فرد عليه الرئيس كالآتي:
من محمد مرسي .. رئيس جمهورية مصر العربية.. بالإشارة إلي موضوعكم أعلاه والخاص بالتهنئة .. نرفض قبولها ولا نعترف بشرعيتكم .. ومن يمثل السوريين هم الجيش الحر ومجلس قيادة الثورة.
عاشت سوريا حرة أبية.